یکی از مهم‌ترین وقایع سلطنت محمد شاه کور کردن برادرانش بود. وی در سال 1250 هـ.ق یعنی سال مرگ فتحعلی شاه (در اصفهان)، به سلطنت رسید، (قبل از محمد شاه پسر دیگر فتحعلی شاه به نام علی شاه ظل السلطان در تهران تاجگذاری کرد و چهل روز بر تخت نشست). محمد شاه نوهٔ فتحعلی شاه و فرزند عباس میرزا بود. و سومین شاه از دودمان قاجار. علت به سلطنت رسیدن او این بود که پدر ولیعهدش قبل از مرگ شاه درگذشته بود ولی علیرغم اینکه فتحعلی شاه فرزندان ذکور بسیاری داشت ولی سلطنت موروثی در خانوادۀ عباس میرزا یکی از مواد معاهدۀ ترکمان‌چای بود، که بر طبق آن روسیه متعهد شده بود که از آن حمایت کند و فتحعلی شاه ناگزیر باید از آن تبعیت می‌کرد. بنا بر این بعد از مرگ عباس میرزا در سال 1249 هـ.ق. محمد میرزا را به ولیعهدی برگزید و وی وارث تاج و تخت شد. به این ترتیب که پس از مرگ پدر بزرگ خویش فتحعلی شاه، با همراهی میرزا ابوالقاسم قائم مقام (شخصیت دانشمند دورۀ قاجار و صاحب تألیفات) در تبریز به نام محمد شاه قاجار به تخت سلطنت نشست و به همراهی سفیران انگلیس و روس و لشکریانش به تهران ورود کرد. در عین حال زمانی که پسران متعدد فتحعلی شاه از درگذشت او مطلع شدند، هر کدام در نقطه‌ای از ایران قیام کردند و مدعی پادشاهی شدند. دو برادر محمد شاه در اردبیل زندانی بودند. از آن جایی که از عاقبت کار ایشان می‌هراسید، آن دو را که جهانگیر میرزا (شاهزاده‌ای دانشمند و صاحب تألیف) و خسرو میرزا (شاهزاده‌ای بسیار زیبا رو و دانا) نام داشتند نابینا نمود. خسرو میرزا شاهزادۀ خوش سیما و آگاه از نظر دیپلماسی بود که برای عذرخواهی از قتل گریبایدوف وزیر مختار روس بدست مردم ایران، با هیأتی از طرف فتحعلی شاه به روسیه اعزام شد. این شاهزاده، بقدری رفتارش پسندیده و خلقیاتش برازنده بود که امپراطور روس را مجذوب خود کرد و موجب شد که از 10 کرور غرامتی که قرار بود دولت ایران به روس بپردازد یک کرور آن را امپراطور روس به حُسن خلق و آداب‌دانی خسرو میرزا بخشد. ولی محمد شاه، خسرو میرزا را که برادرش بود کور کرد، این شاهزاده، اهل علم و دانش بود و بعدها در دستگاه ناصرالدین شاه حضور داشت و ناصرالدین شاه در خاطراتش، هرجا که می‌خواست، توضیحی در مورد او بدهد، می‌نوشت "خسرو میرزای کور" .
القصه محمد شاه بعد از کور کردن برادران به جنگ حسینعلی میرزا فرمانفرماپسر فتحعلی شاه و عموی خود که در آن زمان حاکم فارس بود و برادرش حسنعلی میرزا شجاع السلطنه به او پیوسته بود رفته، حسنعلی میرزا را مغلوب و نابینا نمود. چندی بعد حسینعلی میرزا فرمانفرما هم که او نیز شکست خورده و در تهران زندانی بود، بر اثر بیماری درگذشت.
محمد شاه که بیداد را در مورد عموها و برادرانش تمام کرده بود، به صدر اعظم باتدبیرش که او را در رسیدن به شاهی همراهی کرده و دارای جمیع صفات مثبت برای صدارت بود نیز رحم نکرد و بنا بر سعایت بدخواهان در سال 1251 در حالی که هنوز 2 سال از سلطنتش نگذشته بود، دستور داد تا او را خفه کردند و حاجی میرزا آقاسی را که مراد او و طبق نوشتۀ مورخان از دانش سیاست بی‌بهره بود بجای او منصوب نمود.
با این همه بیداد، روزگار با محمد شاه همراهی نکرد و در سن ۴۲ سالگی بعد از ۱۴ سال و اندی سلطنت در سال ۱۲۶۴ هجری قمری به علت بیماری درگذشت. در دوران سلطنت وی، حوادث بسیاری روی داد که از آن جمله‌اند فتنۀ باب و شورش سالار در خراسان، که تا دوران سلطنت ناصرالدین شاه امتداد یافت.